Bueno, no siempre es necesario que ambos sitios compartan la misma base de datos, en caso de que quieras compartir bases de datos si es necesario modificar el settings.php e incluso decirle que comparta tablas como roles, usuarios, etc, pero si lo que quieres es un sitio completamente independiente basta con que crees su bd de datos en el cpanel, lo instales en una carpeta contenida en la raíz y  desactives el acceso a los robots de los buscadores mediante el archivo robots.txt en la instalación drupal que esta en la raíz para evitar contenidos duplicados.